Звоночек звенит, дальше-то что? Принцип такой, что в проекте может быть только один файл, выполнение которого влечёт действия, и называться он может только index.php. Все остальные файлы имеют право только объявлять функции.

Включение «какого угодно файла» из папки system не может быть опасно, потому, что все они только объявляют функции, и если даже эти функции взрывают Вселенную, их всё равно далее по коду никто не вызовет.